Die Datensicherheit bei Daten aus der ePA für die Forschung ist jederzeit gewährleistet. Die Daten aus der ePA werden, soweit nicht widersprochen wird, in pseudonymisierter Form an das Forschungsdatenzentrum Gesundheit (FDZ) ausgeleitet. Das FDZ wird derzeit im Bundesinstitut für Arzneimittel und Medizinprodukte (BfArM) aufgebaut. Eine Nutzung der Daten wird ausschließlich auf Antrag beim FDZ Gesundheit, für gesetzlich vorgesehene Zwecke und innerhalb einer sicheren Verarbeitungsumgebung möglich sein.